O logotipo demonstra a união dos vários níveis de ensino presentes no agrupamento, sendo representada através da forma elíptica verde. O verde faz parte da vida de São Brás de Alportel, havendo recurso a esta cor como alusão à serra circundante do município.
As escolas de tamanho diferenciado representam os vários níveis de ensino, desde a mais pequena, representativa do jardim-de-infância, à maior, que representa os do 2º e 3º ciclos, passando pela intermédia, representativa do 1º ciclo.
A mistura da cor nas escolas simboliza as competências adquiridas nos vários níveis de ensino, até ser alcançado o 3º ciclo de escolaridade. Assim, esta aquisição inicia-se no jardim-de-infância, de cor vermelha. Em seguida, os alunos passam para o 1º ciclo, com a cor laranja, sendo esta obtida através da adição do amarelo ao vermelho. Continuam nos 2º e 3º ciclos de cor amarela pura, que representa o conhecimento máximo adquirido dentro do agrupamento no final do percurso escolar.
As escolas estão ainda articuladas, ligadas entre si através de um caminho, que simboliza o percurso que os alunos seguem dentro do agrupamento, passando por todos os níveis de ensino. A disposição diagonal das escolas sugere a dinâmica existente dentro do agrupamento. Por fim, um olhar mais cuidado pode notar que duas escolas saem ligeiramente fora da forma elíptica. Esta disposição indica uma influência do agrupamento não só na comunidade local, mas também na região.